Además, era un sitio donde se rezaba el rosario a determinadas horas del día y de la noche. En los muros cubiertos en mosaicos de Talavera, están grabadas las estaciones del vía crucis.

La entrada al coro de la iglesia permitía a los frailes compartir con la comunidad aledaña los oficios religiosos, a través de un portón que se dispuso para ello.

Un sitio donde los frailes dieguinos realizaban ceremonias religiosas era la capilla doméstica, en la que existía un altar y algunos nichos y donde debieron estar algunas imágenes de santos y de vírgenes, además de una completa decoración de pintura mural.

Por último, las celdas eran pequeños cubículos donde los frailes dormían y tenían objetos personales, como camastro, libros, ropa y una mesa para leer y trabajar. Un hoyo adosado al muro, les garantizaba una iluminación adecuada para la revisión de textos.

A lo largo de 10 salas, se  encuentra una explicación clara de los procesos históricos y de las intervenciones armadas en México, que ocurrieron de mediados del siglo XVIII a las primeras décadas del siglo pasado.

Las salas se dividen en: Introducción, Independencia, Intervención española, de 1829, Intervención francesa o guerra de los pasteles, de 1838 a 1839; Intervención norteamericana, de 1846 a 1848; Intervención francesa, de 1862 a 1867; República restaurada; Porfiriato; Revolución e intervención norteamericana, de 1914 a 1916.

Los hechos y acontecimientos se ilustran con gráficos, pinturas, litografías, grabados, fotografías, mapas documentos, armas de fuego –cañones, fusiles, pistolas, balas, sables, espadas, marrazos y machetes- y textiles –banderas, guiones y uniformes-.

Además, con indumentarias –condecoraciones, medallas e insignias-, esculturas y objetos varios -joyería, cerámica y muebles-, que en combinación con algunas reproducciones recrean museográficamente los hechos históricos.